Le due riduzioni rumore operano a livello diverso e offrono due soluzioni diverse a due problemi che si originano in modo diverso.
Il rumore che si origina in scatti ad alti ISO si produce a causa dello "spremere" il sensore e quindi aumentare il fattore di sensibilità dello stesso, facendo una sorta di "amplificazione" del segnale e quindi introducendo rumore elettronico, la correzione in questo caso è operata via software dal processorino della camera, che non fa ne più ne meno di quello che fa qualunque software di noise reduction al pc, cioè tenta di "pulire" la foto analizzandola e tentando quindi la correzione. Tale "pulizia" non porta via tempo aggiuntivo agli occhi del fotografo perchè è fatta in background dal processore della macchina, quindi se lasci attiva questa funzione non ti cambia nulla a livello di tempi.
Il rumore derivante dalle lunghe esposizioni, invece, è legato essenzialmente al surriscaldamento del sensore a causa del funzionamento prolungato. Immagina quindi il sensore, che di regola funziona per piccole frazioni di secondo, che invece in uno scatto lungo resta attivo a catturare informazioni per 10,20, 30 e passa secondi. Il surriscaldamento che si crea porta alla formazione di hot pixel, o pixel bruciati e ovviamente anche alla presenza di rumore. In tal caso la macchina cosa fa... a fine foto ne scatta una identica, stessi tempi, ma con la tendina chiusa in modo che la seconda foto è nera. Pur essendo nera, in realtà, su questa foto si evidenziano tutti i pixel bruciati e i difetti derivanti da quella lunga posa. La macchina allora si "segna" quali sono i pixel danneggiati e li va a sottrarre alla foto di partenza, operando quindi una pulizia anche importante in certi casi. Il consiglio di spegnere questa funzione è proprio legato al fatto che, stavolta, questa funzione porta via del tempo effettivo perchè richiede che la camera deve scattare non una ma effettivamente due foto alla volta. Ora questo è ininfluente per scatti tipo di 2 secondi, ma metti il casi tu fai un'esposizione di mezz'ora (fattibilissima con un ND bigstopper) immaginati a stare un'altra mezz'ora fermo perchè la macchina sta scattando la foto di pulizia.
Tale tecnica si chiama "dark frame" e nelle foto notturne e astronomiche è molto importante.
Io personalmente tengo entrambe le funzioni attive, e solo quando mi serve o quando già so di dover fare qualcosa di più approfondito le spengo e faccio a mano al pc.
Il fatto che il pc lavori meglio e i risultati siano migliori è vero, ma fino a un certo punto...per foto "banali" (penso alle foto di sera con gli amici ecc,...) la pulizia della camera è più che sufficiente...